겁이 많은 어린 소년 짐 호킨스의 가족이 운영하는 벤보 제독 여관에 낡은 궤짝을 끌고 온 한 늙은 뱃사람이 손님으로 찾아온다. 그가 온 후로 조용했던 벤보 제독 여관은 이해할 수 없는 괴상한 일들로 바람 잘 날이 없고, 짐의 아버지와 늙은 뱃사람은 죽음을 맞이한다. 늙은 뱃사람이 죽자 그를 쫓던 무리들이 그의 낡은 궤짝을 차지하기 위해 여관을 찾아오고, 짐은 그들을 피해 달아나던 중에 우연히 보물섬이 그려진 지도를 차지하게 된다. 트렐로니 지주, 리브시 선생님, 스몰릿 선장, 존 실버 등 여러 뱃사람들과 함께 히스파뇰라호에 승선한 짐은 보물섬 지도를 따라 보물을 쟁취하기 위한 항해를 시작한다. 그러던 중 짐은 우연한 기회로 실버의 음모를 엿듣게 되고, 그 후로 히스파뇰라호에 탔던 뱃사람들은 두 개의 편으로 나뉘어 보물을 향한 처절한 질주를 시작한다. 호킨스와 그의 일행은 그들에게 닥친 위험천만한 상황에서 어떻게 벗어날까? 과연 그들은 보물을 차지할 수 있을까? 선혈이 낭자하는 전투의 장으로 변해버린 보물섬에서의 최후 승자는 누가 될 것인지 손에 땀을 쥐게 한다.